Luego participó del Mundial que se desarrolló esa misma temporada en Malasia y en el que Argentina se coronó, tras vencer a Uruguay con Riquelme como capitán. Su primera convocatoria para el seleccionado mayor llegó meses después cuando Daniel Passarella lo llamó para disputar el último partido de las Eliminatorias para el Mundial de Francia 98. Y Riquelme, con 19 años, ingresó desde el banco de suplentes en los últimos minutos del empate 1-1 ante Colombia. Más tarde, quedaría fuera de la lista que iría al certamen ecuménico que finalmente se llevaron los galos.
Marginado del equipo que actuó en el Mundial de Corea y Japón 2002 por Marcelo Bielsa (sólo jugó 7 partidos desde 1999 a ese año), Riquelme jugó su único certamen ecuménico en Alemania 2006, donde José Pekerman le dio la camiseta número 10. Jugó 5 partidos y no convirtió goles.
Tras la eliminación de la Copa del Mundo, Riquelme, inesperadamente, renunció al equipo en una nota televisiva, aduciendo que las críticas negativas que había recibido habían afectado la salud de su madre.
Pero en 2007, tras jugar una brillante Copa Libertadores que ganó con Boca Juniors, Alfio Basile lo convocó para jugar la Copa América de Venezuela y fue una de las figuras del equipo, que lució hasta caer en la final con Brasil por 3-0 Titular en los primeros encuentros de las Eliminatorias para Sudáfrica 2010, no pudo estar en la derrota ante Chile por 1-0 en Santiago que derivó en la salida del "Coco" del cargo de entrenador nacional.
En ese período también se dio el gusto de colgarse la medalla dorada con el equipo que ganó los Juegos Olímpicos de Beijing 2008, de la mano de Sergio Batista.
Pero tras recibir una crítica de Diego Maradona, quien se había hecho cargo del equipo tras la salida de Basile, volvió a renunciar al equipo.
"Se terminó la selección para mí, lo tengo claro. Me he enterado de que no iba a (jugar contra) Francia por la radio. Tengo una manera de pensar muy transparente, tengo códigos y no son los mismos que tiene el director técnico", dijo Riquelme despidiéndose del equipos nacional.
Pero este año, con Batista ya como entrenador, manifestó sus ganas de regresar antes de la Copa América. No se le dio pero ahora, convocado por Sabella, volverá al seleccionado y a ponerse la camiseta celeste y blanca, esa que vistió en 54 ocasiones, convirtiendo 18 goles.
