En 1997 Scioli fue electo diputado nacional por la Ciudad de Buenos Aires, de la mano del entonces presidente Carlos Menem, y desde la cabecera de la Comisión de Deportes saltó a la política nacional.
Fue reelecto en 2001 y pidió licencia en diciembre del mismo año para asumir como secretario de Turismo y Deporte de la Nación en el gobierno transitorio de Adolfo Rodríguez Saá, tras lo cual se convirtió en Vicepresidente de Néstor Kirchner, en 2003.
En esta oportunidad, Scioli tendrá como vicepresidente de la Comisión de Deportes al oficialista Héctor Baldassi y como vice segundo al massista Facundo Moyano.
Según trascendió, el ex candidato presidencial negoció personalmente con Cambiemos su regreso al cargo que ocupó durante sus primero años en la política.