Este tipo de muestreos determinan la situación del río y sus perturbaciones originadas por las actividades antrópicas que estresan la cuenca. Se evalúan los parámetros de turbidez, metales totales, arsénico total, Ph, entre otros.
Los aspectos vinculados al muestreo manual implica la colecta de muestras por breves períodos de tiempo, ya sean muestras puntuales o individuales.
Esta metodología es flexible tanto en el tiempo como en el espacio y el OPDS posee el equipamiento que ha de adaptarse a cada condición y necesidad.
Cabe resaltar, que todo el equipamiento utilizado por el Organismo está construido de materiales que no afecten la composición del agua muestreada, de fácil limpieza y descontaminado. Estos permiten el trasvase seguro del material colectado a otros recipientes, sin que se pierda materia suspendida por sedimentación en el muestreador.