Al día siguiente del siniestro, el ministro de Planificación Federal, Julio De Vido, había anunciado que "por orden de la Presidenta" iba a solicitar al juzgado ser querellante "en defensa del interés público y para acompañar a los damnificados".
En efecto, la solicitud fue concretada en el juzgado federal número 11 por el subsecretario legal y técnico del ministerio, Rafael Llorens.
Entre los argumentos expuestos por Bonadio para dar su visto bueno, según las fuentes, sostuvo que el Estado Nacional "es una persona jurídica del Derecho Público", así como que el transporte público "debe ser garantizado" por aquel.
El juez, agregaron las fuentes, también estableció que la constitución como querellante del Gobierno "no es óbice para determinar y perseguir eventuales responsabilidades penales de sus funcionarios, que son personas físicas".
Por último, Bonadio rechazó a Eduardo Lucio Frigerio como perito de parte, propuesto por el abogado querellante Gregorio Dalbón, por "falta de idoneidad en la especialidad" ferroviaria ya que es licenciado en criminalística.
Con iguales argumentos, el juez tampoco aceptó al otro perito, cuyo nombre no trascendió, que había propuesto Dalbón como "experto en ferrocarriles".
